Em meados do século XXI, a humanidade está em apuros. A tecnologia genética encontrou um grande mercado e, com os enormes lucros, as pesquisas avançaram rapidamente. O gene da imortalidade deixou de ser apenas um sonho. Contudo, uma amostra desse gene acabou sendo misturada acidentalmente com um agente biológico perigoso, dando origem a uma nova forma de vida. Ao incorporar material genético do mundo natural, essa criatura evoluiu para um inimigo que invadiu o planeta humano. Os Shahel tornaram-se poderosos demais para as forças militares humanas; já dominaram tanto os continentes norte quanto sul-americanos, fazendo com que países como os EUA deixassem de existir no mapa. No Japão, o governo desenvolveu e aprimora uma unidade de samurais para combater os Shahel, utilizando soldados reforçados com nanomáquinas que se conectam a exoesqueletos blindados. Nesse contexto, Tsukahara Takemichi é designado para o primeiro pelotão da unidade Samurai.
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