Nakamaru Koutarou, estudante de ensino médio e especialista em kendo, tem sua vida pacífica destruída quando um misterioso vírus com taxa de mortalidade de 94 % coloca a sociedade japonesa à beira do colapso e ameaça o mundo inteiro.
Quando seu irmão mais novo fica infectado, ele passa a ser monitorado por uma organização que lidera o último esforço do Japão contra o patógeno: reduzir em escala miniatura um grupo de soldados destemidos para capturar a nova forma de vida que funciona como vetor do vírus, permitindo que sejam usados na produção de uma vacina ou antiserum.
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