Um dia, enquanto Shirou entregava um aparelho secreto ao seu colega, ele conheceu Amane Mao, uma garota incrivelmente forte que consegue levantar carros.
Esse aparelho, chamado sistema VITA, é uma nova arma que teoricamente pode derrotar os ERRORs: uma raça de enormes mutantes cibernéticos que exigiam o uso de armas de destruição em massa em Tóquio Antiga há 14 anos.
De repente, um desses ERRO surge diante deles e entra em fúria.
Pouco depois de tentar convencer seu colega a aprovar o uso do sistema VITA apenas para salvar civis, este é devorado pelo ERROR.
Diante da morte, Shirou não tem outra opção senão atender ao pedido de Mao de ativar a super-arma e acabar com o ERROR.
…e assim os dias agitados de Shirou como mestre masculino do sistema VITA na Academia de Meninas de St. Liddel estão prestes a começar...
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