A trama da União Yggdra começa com a princesa Yggdra, de Fantasinia, escapando de sua cidade sitiada enquanto leva consigo a herança familiar: a Espada Sagrada Gran Centurio. Ao longo da narrativa, o conceito de que a justiça repousa na espada sagrada impulsiona Yggdra e seu exército, além de servir como justificativa para suas ações – sobretudo quando civis são massacrados durante os combates. A história foca principalmente na recuperação do reino de Yggdra pelo Império Bronquiano e, posteriormente, na unificação de todo o mundo sob sua liderança, com diversos interlúdios que compõem uma trama densa e envolvente.
O desfecho se divide conforme as escolhas do jogador: um final quase “jogo” e dois finais abertos, nos quais Yggdra pode seguir a crença de que a justiça está na espada sagrada ou sacrificar essa crença em busca da paz universal. Yggdra Union Anthology Comic é uma coletânea de quadrinhos inspirada no jogo Yggdra Union, ilustrada por diversos artistas e lançada em 31 de março de 2007.
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