Misato Katsuragi é a comandante dos pilotos Eva, dando ordens e estratégias de batalha no campo. Ela também atua como guardiã de Shinji Ikari e Asuka Langley Soryu, deixando-os morar em seu apartamento em vez de viver sozinhos.

Ela é profissional e séria nos seus deveres, mas desleixada e bebedora quando está de folga. Misato é a única sobrevivente da Expedição Katsuragi, um estudo científico liderado por seu pai que desencadeou o Segundo Impacto.

Ela usava um pingente de cruz dado pelo pai pouco antes da sua morte. Ela e Ryoji Kaji foram namorados na faculdade e gradualmente reacenderam seu romance ao longo da série. Misato também era amiga de Ritsuko Akagi na faculdade, e a relação entre elas se desvende enquanto ela aprende mais sobre Nerv e SEELE.

Ela é chefe de operações da Nerv, inicialmente ocupando o cargo de Capitão, com uma promoção posterior para Major.